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프로토스는 고도로 발달한 기술과 강력한 사이오닉 능력만을 믿고 자신들을 전 우주에서 가장 강력한 존재라고 생각하기에 이르렀다. 그러나 저그와 전쟁을 치르면서 상황은 역전되고 말았다. 프로토스의 전사들 각각은 뛰어난 능력을 갖추었으나 저그는 도저히 감당할 수 없는 숫자로 프로토스를 압도했다. 프로토스 사회는 천 년 이상 지켜온 굳건한 철학을 중심으로 뭉쳐져 있었기 때문에, 저그와의 전쟁에서 얻은 교훈을 쉽사리 받아들이지 못했다. 하지만 프로토스의 고향 행성 아이어가 저그에게 공격을 받는 지경에 이르자 프로토스는 선택의 기로에 놓이고 만다. 전쟁에서 살아 남아 다시 번영을 누리기 위해서는 변화를 받아들어야 했다.

계속되는 전쟁에 절박한 상황에 몰린 프로토스는 전략과 기술을 도입하고, 이미 오래전 봉인해 두었던 고대의 무시무시한 무기를 꺼내든다. 프로토스는 전통적으로 다산 종족이 아니었기 때문에 부족한 병력을 다양한 전쟁 기계로 대신하곤 했다. 각 개인으로서 프로토스 전사들은 전투 기술, 과학 기술로 더욱 향상된 육체적 능력, 무시무시한 사이오닉 힘으로 무장하여 어느 누구에게도 뒤지지 않는 능력을 자랑한다. 하지만 프로토스는 기동력과 기습 전략의 잇점을 살려 전쟁으로 인한 희생을 최소화해야 한다. 프로토스의 또 다른 강점은 함대 전력으로, 적을 가루로 만들어버리는 다양한 전함을 보유하고 있다.